IFR

[kobak]

В комментариях к прошлой записи началось какое-то безумие, поэтому я решил их закрыть. Но польза от них была: в дискуссии с trueview я несколько изменил свое мнение об IFR ковида. Возьмем два больших серологических исследования в топовых журналах с большой случайной выборкой -- одно в НЙ, одно в Испании.

Exhibit 1: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31483-5/fulltext. На 11 мая антитела были у 5.0% процентов населения Испании. Это 2.35 млн человек. Подтвержденных смертей на тот момент было 27 тысяч (см.). Это дало бы IFR=1.15% (в самой статье этого числа нет, но мета-анализы вроде этого https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220321809 для этой работы как раз и получают 1.15%). Но избыточных смертей в Испании в 1.5 больше, чем подтвержденных ковидных (см.). То есть избыточных смертей было примерно 40 тыс., и поскольку ясно, что они почти все ковидные, то получается IFR=1.7%.

Update (Feb 5): Там делали два серологических теста, у обоих специфичность ~100%, поэтому можно брать объединение их результатов. Получается 6.3% сероположительных, это 3.0 млн. Но избыточных смертей весной на самом деле было 48 тыс. (я посчитал). Итого IFR=1.6%.

Exhibit 2: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2912-6. К концу мая в НЙ было 20% населения с антителами. Остюда авторы статьи получают IFR=0.97%, исходя из кол-ва смертей от *подтвержденного* ковида (в частности, они исключают смерти от *предположительного* ковида!). На тот момент избыточная смертность в НЙ была в 1.5 раза выше, чем кол-во подтвержденных смертей (см.), т.е. реально можно предположить IFR=1.5%.

Понятно, что IFR сильно зависит от возраста (см. https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr и ссылки там), поэтому интегральный IFR в каждой стране или городе зависит от местной возрастной пирамиды (скажем, в Латинской Америке интегральный IFR может быть раза в два ниже западноевропейского). Но для возрастной пирамиды похожей на Испанию/Нью-Йорк, я думаю, можно брать IFR=1.5% как разумную интегральную оценку.

Есть странные люди, которые по-прежнему повторяют про небольшое отличие от гриппа. Это смехотворно. По оценкам CDC, кол-во смертей от гриппа в США за сезон обычно находится в диапазоне 20--50 тыс. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/), а кол-во симптоматических инфекций за сезон -- 20--40 млн. С учетом того, что симптоматических инфекций, по оценкам, примерно треть от всех, это в среднем соответствует где-то IFR=0.05% для гриппа (https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Здесь кол-во смертей -- это НЕ просто кол-во смертей с гриппом в death certificate, а довольно сложная оценка, полученная с учетом того, что многие смерти от гриппа могут быть записаны как смерти от пневмонии и т.д. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/how-cdc-estimates.htm). IFR=0.05% -- т.е. получается где-то (очень приблизительно) в 30 раз меньше, чем у ковида (отношение по возрастным группам см. тут: https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Избыточная смертность в США на сегодня где-то тысяч 450 (см.), так что уже на порядок больше обычного кол-ва смертей от гриппа за сезон, а эпидемия ковида там еще в самом разгаре.

Как и обещал, за голословные утверждения о том, что ковид не опаснее или лишь немного опаснее гриппа, я теперь буду сходу банить (не голословные -- т.е. когда они сопровождены подробным обоснованием и объяснением, почему всё написанное выше неверно, -- допускаются).

Comments

[athanatoi.livejournal.com]

тогда я лучше сразу ссылки дам.

Грузстат - по месяцам - стр. 67. Данные до 2015 недостоверны. (был серьезный пересмотр задним числом после переписи 2014 года, причем использовались всякие интерполяции, а не регистрационные данные).
https://www.geostat.ge/media/34261/%E1%83%93%E1%83%94%E1%83%9B%E1%83%9D%E1%83%92%E1%83%A0%E1%83%90%E1%83%A4%E1%83%98%E1%83%A3%E1%83%9A%E1%83%98-%E1%83%95%E1%83%98%E1%83%97%E1%83%90%E1%83%A0%E1%83%94%E1%83%91%E1%83%90-%E1%83%A1%E1%83%90%E1%83%A5%E1%83%90%E1%83%A0%E1%83%97%E1%83%95%E1%83%94%E1%83%9A%E1%83%9D%E1%83%A8%E1%83%98-2019.pdf

Армения: октябрь - https://www.armstat.am/file/article/sv_10_20r_510.pdf
январь-сентябрь https://www.armstat.am/file/article/sv_09_20r_520.pdf
2019: https://www.armstat.am/file/article/sv_12_19r_520.pdf
2018: https://www.armstat.am/file/article/sv_12_18r_520.pdf
2017: https://www.armstat.am/file/article/sv_12_17r_520.pdf
2016: https://www.armstat.am/file/article/sv_12_16r_520.pdf
2015: https://www.armstat.am/file/article/sv_12_15r_520.pdf
цифры вложены в график "Регистрации гражданского состояния родившихся и умерших по месяцам"

По Армении надо учесть, что в октябре 2020 года в регистрацию смертей включено примерно 850 человек умерших от войны. Также следует учесть, что в последние годы произошло изменение возрастной структуры населения. В частности, учитывая, что ОПЖ в Армении примерно 76 лет, в модальный год рождения умерших в 2018 году - 1942, 2019 - 1943, 2020 - 1944, когда рождаемость была очень низкой. Как следствие, начиная с 2018 года произошло заметное снижение смертности (как и числа населения в возрастах от 73 до 79 лет), поэтому я сравнивал с 2018-9 гг., и это сравнение вполне адекватное с учетом только того что в феврале 2020 года было 29 дней, а не 28.

По Беларуси и Азербайджану брал вроде отсюда: https://data.un.org/Data.aspx?q=death+by+month&d=POP&f=tableCode%3a65

[kobak.livejournal.com]

Спасибо! Сразу вопрос: по Грузии вижу по Вашей ссылке данные до 2019 включительно, а где брать 2020?

[athanatoi.livejournal.com]

есть только до июня включительно, они есть у меня в блоге.

[kobak.livejournal.com]

Хорошо, посмотрю там, но мне все равно интересно, откуда Вы их взяли...

[athanatoi.livejournal.com]

В одном докладе ncdc.ge трассировать из графиков. Потом грузстат опубликовал общую цифру тут: https://geostat.ge/media/33670/%E1%83%AB%E1%83%98%E1%83%A0%E1%83%98%E1%83%97%E1%83%90%E1%83%93%E1%83%98-%E1%83%93%E1%83%94%E1%83%9B%E1%83%9D%E1%83%92%E1%83%A0%E1%83%90%E1%83%A4%E1%83%98%E1%83%A3%E1%83%9A%E1%83%98-%E1%83%9B%E1%83%90%E1%83%A9%E1%83%95%E1%83%94%E1%83%9C%E1%83%94%E1%83%91%E1%83%9A%E1%83%94%E1%83%91%E1%83%98%2C-2020-%E1%83%AC%E1%83%9A%E1%83%98%E1%83%A1-%E1%83%98%E1%83%90%E1%83%9C%E1%83%95%E1%83%90%E1%83%A0%E1%83%98-%E1%83%98%E1%83%95%E1%83%9C%E1%83%98%E1%83%A1%E1%83%98.xlsx

И если не ошибаюсь помесячные всплыли в базах данных евростата. В итоге вышло что трассировка дала отклонение менее 0.4%.

[kobak.livejournal.com]

Класс.

Я добавил Грузию и Армению в мою таблицу. Посмотрите, пожалуйста, это выглядит разумно? Я понимаю, что в Армении в октябре есть большой вклад войны :-( но что делать...

(В Бельгии, кстати, есть довольно ощутимый пик от летней жары, который не имеет к ковиду отношения.)

(https://ic.pics.livejournal.com/kobak/1474765/42675/42675_original.png)

[athanatoi.livejournal.com]

1) летний пик в Бельгии вижу, да.
2) по Армении, в октябре 850 человек избыточных по внешним причинам считаю нужным исключить. В Грузии кстати те же обстоятельства что и в Армении за исключением войны то есть базовой линией думаю надо брать среднесуточное по 2018/9
3) в остальном все нормально.
4) хотелось бы видеть иранские данные потому что на их сайте ничего такого не нашел - только годовые и уже устаревшие. Возможно, не там искал.

[kobak.livejournal.com]

Спасибо. Про базовую линию: я для всех стран делаю экстраполяцию линейного тренда с 2015-19 на 2020. Так что это учитывается автоматически. Если внимательно посмотреть, то видно, что черная линяя (прогноз на 2020) для некоторых стран ниже почти всех серых, а для некоторых других стран выше почти всех серых.

Я подумаю, что делать с войной (и другими экстраординарными обстоятельствами вроде летней жары).

Про Иран:

# https://www.sabteahval.ir/avej/Page.aspx?mId=49826&ID=2182&Page=Magazines/SquareshowMagazine

# "Winter" (last entry per Solar Hirji year) starts on Dec 22, so we'll count it as next calendar year

data = [87889, 112465, 131882, 104609, # 1393 (2014)
91198, 90009, 90451, 95026, # 1394 (2015)
90558, 88026, 95737, 94831, # 1395 (2016)
93067, 88002, 94214, 101030, # 1396 (2017)
90214, 91737, 93863, 101210, # 1397 (2018)
91742, 94441, 103422, 105787, # 1398 (2019)
110384, 131294, # 1399 (2020)
]

Это значит, что первые три числа тут я выбрасываю, а дальше беру по четыре в год (первое число за 2015 -- это 104609).

[athanatoi.livejournal.com]

спасибо!

Кстати, а экстраполяция тренда линейная? С одной стороны, брать механически среднее за 5 лет как делает тот же Экономист - неадекватно. Экстраполяция - более правильный подход. Но чтобы ее сделать, нужно много данных, как к примеру у Вас есть по России, но вот к примеру по Бразилии базовая линия должна быть на глазок - выше, а по Испании, Франции, Колумбии и Италии - ниже.

Эпидемия начинается на отрицательных значениях базовой линии и потом вновь к ним возвращается при спаде волны (причем не до полного нуля). Что позволяет предположить, что базовая линия в 2020 году должна была быть чуть-чуть другой. В Бразилии - наоборот, эпидемия начинается на избыточной смертности больше нуля, что может быть обсуловлено многими факторами, но получается что базовая линия должна быть повышена - и как следствие число избыточных смертей уменьшено.

Это уже все факторы, которые невозможно легко учесть, но я думаю что после окончания эпидемии надо будет и этим всем максимально внимательно заняться. я сторонник того чтобы посчитать в конечном счете количество потерянных человеко-лет в пересчете на популяцию, включая даже тех, кого инструмент избыточной смертности не фиксирует (умерли раньше срока к примеру на 3 месяца) с помощью выбросов по нормальному распределению.

В конце это можно сравнить с другими подобными событиями, войнами, эпидемиями и прочими явлениями и определить масштаб пандемии ковид-19 как демографического явления в истории. :)

[kobak.livejournal.com]

Экстраполяция линейная, с 2015-19 на 2020. На таком коротком промежутке времени (пять лет) нелинейный фит делать смысла нет.

Экономист не берет среднее, они тоже делают экстраполяцию (может, недавно начали, не знаю).

По Бразилии у меня нет данных, только 2019. Так что тут без экстраполяции, увы.

По Испании, Франции, Колумбии, Италии делаю экстраполяцию. Меньше смертей в первые месяцы может быть, например, из-за мягкого гриппа прошлой зимой.

[athanatoi.livejournal.com]

Я смотрел на все это в сентябре, имея данные вплоть до июля. Думаю, надо будет вернуться к подсчетам через пару месяцев, когда будут окончательные данные за 2020 год по всем периодам. Тогда можно будет их сопоставить с зарегистрированной смертностью от ковида, и легче будет определить. Но да, согласен в том, что основной разброс приходится на зимние месяцы тогда как летние месяцы куда стабильнее. Что касается Экономиста, то когда я смотрел, там вроде простое среднее было.

[kobak.livejournal.com]

Когда появятся новые данные по Грузии или Армении, дайте знать, пжлст. Мой скрипт подгружает свежие данные автоматически, но, конечно, не по странам, которые я руками добавляю.

[athanatoi.livejournal.com]

да, пришлю ссылку на новые данные, когда будут.

[kobak.livejournal.com]

У меня вопрос: а откуда возникло число 850? Википедия вот пишет:

According to official figures released by the belligerents, Armenia lost 3,360 troops killed,[3] while Azerbaijan lost 2,854 troops killed with 50 missing in action.

Date 27 September 2020 – 10 November 2020

https://en.wikipedia.org/wiki/Casualties_of_the_2020_Nagorno-Karabakh_war

Значит ли это, что из избыточной смертности за октябрь следует отнимать примерно 3500 для Армении и примерно 3000 для Азербайджана, чтобы получить жертв ковида??

[athanatoi.livejournal.com]

обе цифры по числу убитых неточные и неполные. В действительности это примерно по 4.5-5 тыс. чел. с каждой стороны.

Что касается избыточной смертности, то нет это не значит что эти цифры надо исключить, потому что к сожалению не всех погибших на войне включают в отчетности. В действительности и те, и те власти врут, поэтому стараются по минимуму включать погибших в статистику.

теперь что касается 850. 850 это превышение числа умерших от внешних причин в октябре 2020 года относительно октября 2018/9 гг.

[kobak.livejournal.com]

Спасибо за ответ. А как можно не включать погибших в статистику общей смертности? Человек умирает, его хоронят, должно быть свидетельство о смерти...

Мне нужно вычесть какую-то "поправку на войну" из цифр избыточной смертности в обех странах. Из того, что Вы написали, думаю, что можно очень очень условно вычесть по 4 тысячи...

[athanatoi.livejournal.com]

а) можно, если хочется сфальсифицировать данные. Конкретно, по факту, эта регистрация по уму не делается. Данные Армении дают возможность на месячной основе смотреть на причины смертности. Конкретно в Армении за октябрь-ноябрь в смертности учтено всего лишь 1969 погибших на войне, хотя даже официально уже признано 3460.
Кроме того с армянской стороны есть погибшие из Нагорного Карабаха, их более тысячи, они не включены в статистику Армении.
б) что касается Азербайджана ситуация аналогичная. Только по итогам года, когда половозрастная структура смертности будет опубликована, можно будет делать выводы о том, какое количество умерших можно ассоциировать с войной.

[kobak.livejournal.com]

Понятно, спасибо. Но в принципе, наверное, возможно, что остальные погибшие включены в статистику общей смертности, но не отмечены как "погибшие на войне", т.е. причина смерти указана неверно?

Я, кстати, нашел понедельные данные армянской общей смертности. Они доступны на EuroStat.

[athanatoi.livejournal.com]

1) В ноябрьском отчете было специально указано число погибших на войне в общем числе погибших.
2) вот оно как. Забавно, здесь не публикуют, в Евростат отправляют. Спасибо за наводку. тонну пепла на голову Армстату, что такие данные не публикуют тут. Там еще и по 5-летним возрастным группам и по полу есть.
3) проверил понедельные данные. Странно, но за 2015-2017 они точные, в 2018 сравнительно небольшое отклонение вниз относительно помесячных, в 2019 году уже более заметное (в основном аккумулированное в январе), про 2020 еще непонятно
4) в базе Евростата есть и по полам. По избыточному сверх нормы периода коронавируса можете также посмотреть на зарегистрированную военную смертность.

[kobak.livejournal.com]

По Грузии там тоже есть недельные данные, кстати. Но 2020 только первые полгода.

[athanatoi.livejournal.com]

Да, по Азербайджану в этой базе есть только за два месяца, а азстат дал за полгода суммарную. Я достал из тех же евростатовских баз данные по Азербайджану за прошлый период, сравнил их с началом этого года, получил отклонение и, учитывая, что в январе-феврале отклонения не было или даже оно было вниз, аккумулировал его на месяцы эпидемии в соответствии с динамикой зарегистрированных показателей по эпидемии. Так я получил примерные цифры за март-июнь.
-
А по Ирану данные откуда у Вас?

[kobak.livejournal.com]

Про Иран ответил выше.

Если интересны подробности про Иран (по регионам), то см. тут https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.12.07.20245621v1.full