kobak | 2019 / твипринты

В уходящем году:

The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics
https://www.nature.com/articles/s41467-019-13056-x
Layer 4 of mouse neocortex differs in cell types and circuit organization between sensory areas
https://www.nature.com/articles/s41467-019-12058-z
State-dependent geometry of population activity in rat auditory cortex (это еще португальская работа)
https://elifesciences.org/articles/44526
Heavy-tailed kernels reveal a finer cluster structure in t-SNE visualisations
https://ecmlpkdd2019.org/downloads/paper/327.pdf
Cell type composition and circuit organization of neocortical radial clones (тут я только помогал)
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/526681v1
A systematic evaluation of interneuron morphology representations for cell type discrimination (тут тоже)
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/591370v2
UMAP does not preserve global structure any better than t-SNE when using the same initialization
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2019.12.19.877522v1

Кроме того, пару недель назад завел наконец «академический» твиттер. В той части академии, которую я наблюдаю (т.е. нейронаука, транскриптомика, машинное обучение), твиттер стал в последние годы прямо очень популярен. Почти у всех завлабов есть твитер, люди твитят свои статьи, ретвитят понравившиеся, обсуждают что-то. Появился даже термин tweeprint (твипринт?): это когда вешаешь препринт на архив или биорхив и постишь тред штук на десять сцепленных твитов, в которых кратко пересказывается суть статьи. Формат прямо-таки максимально неудобный для развернутых высказываний, но как-то парадоксально набрал популярность. В основном люди, кроме науки, ничего и не постят (вроде бы у некоторых бывает два отдельных аккаунта: академический и частный).

В общем, вот: https://twitter.com/hippopedoid. Там пока три треда: о том, что такое гиппопедоид (https://twitter.com/hippopedoid/status/1205990456066215936), про The art of using t-SNE in single-cell transcriptomics (https://twitter.com/hippopedoid/status/1206535867831083008) и твипринт-комментарий про UMAP/t-SNE (https://twitter.com/hippopedoid/status/1207999178015727616). Термин «гиппопедоид» придумал я сам, но твиттер так назвать посоветовал