IFR

[kobak]

В комментариях к прошлой записи началось какое-то безумие, поэтому я решил их закрыть. Но польза от них была: в дискуссии с trueview я несколько изменил свое мнение об IFR ковида. Возьмем два больших серологических исследования в топовых журналах с большой случайной выборкой -- одно в НЙ, одно в Испании.

Exhibit 1: https://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(20)31483-5/fulltext. На 11 мая антитела были у 5.0% процентов населения Испании. Это 2.35 млн человек. Подтвержденных смертей на тот момент было 27 тысяч (см.). Это дало бы IFR=1.15% (в самой статье этого числа нет, но мета-анализы вроде этого https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1201971220321809 для этой работы как раз и получают 1.15%). Но избыточных смертей в Испании в 1.5 больше, чем подтвержденных ковидных (см.). То есть избыточных смертей было примерно 40 тыс., и поскольку ясно, что они почти все ковидные, то получается IFR=1.7%.

Update (Feb 5): Там делали два серологических теста, у обоих специфичность ~100%, поэтому можно брать объединение их результатов. Получается 6.3% сероположительных, это 3.0 млн. Но избыточных смертей весной на самом деле было 48 тыс. (я посчитал). Итого IFR=1.6%.

Exhibit 2: https://www.nature.com/articles/s41586-020-2912-6. К концу мая в НЙ было 20% населения с антителами. Остюда авторы статьи получают IFR=0.97%, исходя из кол-ва смертей от *подтвержденного* ковида (в частности, они исключают смерти от *предположительного* ковида!). На тот момент избыточная смертность в НЙ была в 1.5 раза выше, чем кол-во подтвержденных смертей (см.), т.е. реально можно предположить IFR=1.5%.

Понятно, что IFR сильно зависит от возраста (см. https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr и ссылки там), поэтому интегральный IFR в каждой стране или городе зависит от местной возрастной пирамиды (скажем, в Латинской Америке интегральный IFR может быть раза в два ниже западноевропейского). Но для возрастной пирамиды похожей на Испанию/Нью-Йорк, я думаю, можно брать IFR=1.5% как разумную интегральную оценку.

Есть странные люди, которые по-прежнему повторяют про небольшое отличие от гриппа. Это смехотворно. По оценкам CDC, кол-во смертей от гриппа в США за сезон обычно находится в диапазоне 20--50 тыс. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/), а кол-во симптоматических инфекций за сезон -- 20--40 млн. С учетом того, что симптоматических инфекций, по оценкам, примерно треть от всех, это в среднем соответствует где-то IFR=0.05% для гриппа (https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Здесь кол-во смертей -- это НЕ просто кол-во смертей с гриппом в death certificate, а довольно сложная оценка, полученная с учетом того, что многие смерти от гриппа могут быть записаны как смерти от пневмонии и т.д. (https://www.cdc.gov/flu/about/burden/how-cdc-estimates.htm). IFR=0.05% -- т.е. получается где-то (очень приблизительно) в 30 раз меньше, чем у ковида (отношение по возрастным группам см. тут: https://github.com/mbevand/covid19-age-stratified-ifr). Избыточная смертность в США на сегодня где-то тысяч 450 (см.), так что уже на порядок больше обычного кол-ва смертей от гриппа за сезон, а эпидемия ковида там еще в самом разгаре.

Как и обещал, за голословные утверждения о том, что ковид не опаснее или лишь немного опаснее гриппа, я теперь буду сходу банить (не голословные -- т.е. когда они сопровождены подробным обоснованием и объяснением, почему всё написанное выше неверно, -- допускаются).

Comments

(frozen)

[nazhdakk.livejournal.com]

Прочитайте внимательно вот это
https://ext-5299091.livejournal.com/27773.html

(frozen)

[strannik1.livejournal.com]

У человека подтвержденный Ковид. Его переехал грузовик, после чего водитель грузовика пять раз пырнул его.
Заносим в статистику. :))

(frozen)

[kobak.livejournal.com]

У меня нет больше сил терпеть Ваш идиотизм, Странник. Вы вообще понимаете что значит "избыточная смертность"? Вы прочитали запись, в которой объясняется, что оценка получена из избыточной смертности? Причем тут грузовик?!

Я баню Вас, по крайней мере, на какое-то время. Всего хорошего.

[athanatoi.livejournal.com]

На мой взгляд IFR ковида зависит от нескольких переменных:
- возраста (представленности возрастных групп в популяции, или пропорции среди заболевших),
- уровня здоровья популяции (распространенность курения, средняя продолжительность жизни и др. могут давать заметную разницу при одном и том же возрасте)
- количества свободных коек (судя по всему для популяции развитой страны при полном отсутствии лечения IFR достигнет 3.3%, соответственно, при IFR=1.5% примерно 45% из них не были излечены)
- уровня подготовки к эпидемии (снижение вирусной нагрузки благодаря мерам разумной изоляции, мерам защиты, также использование витаминов),
- уровня медицинских услуг (качество медицины, наличие вакцины или лекарства)

от всего этого летальность по стране может сильно изменяться, она может отличаться в первую и вторую волну, по мере роста знаний, медицинского охвата и так далее. Также у нас есть Сингапур, где CFR=0.05% или Катар, где это 0.15%, Эмираты с 0.3%, Кувейт с 0.6%, Китай, где смертей от ковида нет давно. Но ключевые два фактора - возраст населения и охват медицинскими услугами. Очевидно, что если никого не лечить, то IFR вырастет заметно. И именно здесь ковидиоты попадают впросак. Грипп-то как правило не требует специального лечения. К примеру, у нас в Армении в июле 2019 года было около 300 пневмоний, а в июле 2020 - 12500 зарегистрированных (из них примерно четверть - не идентифицированный носитель (почти все ковид); вероятно еще несколько тысяч незарегистрированных). Вот и все дебаты по ковиду и гриппу.

Я сделал демографическую оценку, может быть интересно:
Заметили бы в Средние Века эпидемию коронавируса или нет? https://www.kavkaz-uzel.eu/blogs/83781/posts/44432
Оценка избыточной смертности от коронавируса. Пример Европы https://www.kavkaz-uzel.eu/blogs/83781/posts/44383

(frozen)

[kobak.livejournal.com]

За рекомендацию внимательно прочитать безумный текст про "нагнетание страха и паники" (а также по совокупности Ваших предыдущих комментариев), Вы отправляетесь в бан. Всего хорошего.

[athanatoi.livejournal.com]

По смертности приключилась в этом году беда практически. Изначально все мировые элиты впали в панику от ковида и начали бороться с паникой сами. Антиковидный уклон пошел со стороны политиков. Они тогда боролись с паникерами, но эта борьба с паникой потом стала во многом причиной распространения эпидемии. По этой же причине во всех исследованиях марта-мая IFR серьезно недооценивался, самая частая оценка была 0.2-0.37%, уже 0.66% считалось высокой оценкой, хотя эта оценка неадекватна тоже. И чтобы это обосновать, сравнивали количество серопозитивных по популяции с числом зарегистрированных умерших, причем тогда тесты по серопозитивным давали завышение вверх (из-за искажения в несколько процентов ложнопозитивных и ложноотрицательных при преобладании не затронутых в популяции автоматически происходит завышение). Потом качество тестов на антитела выросло. Потом предрассудки и борьба с паникой отошла. В последние месяцы исследования куда более адекватные. К сожалению, в начале людям надо было увидеть много смертей прежде чем всерьез начать относиться к проблеме, будто бы недостаточно расчетов. Даже избыточную смертность не всегда точно считали. Ведь главное - определить базовую линию, а среднее за 5 лет в таком качестве до сих пор не годится. Доходило до курьезов - избыточная смертность в Италии на начало первой волны составляла -2000 в неделю, на конец волны -1000 в неделю, что дает основания предполагать, что на протяжении всей волны ее занижали на 2000 в неделю. Опять же, в последних исследованиях уже все это куда более адекватно. Ну и еще одно обстоятельство. Ковид в среднем отнимает у человека 10-14 лет жизни. Очевидно, немало и случаев, когда речь идет о считанных месяцах. Но если вся эпидемия уже длится 9 месяцев, то человек, умерший в Италии в марте, который без эпидемии умер бы в октябре, инструментом избыточной смертности зафиксирован не будет. (точнее можно построить Гаусс и понять сколько было таких). Не то что общество должно на таких случаях концентрироваться, но как мне кажется, полезно было бы учитывать и этот момент - пусть человек и так недолго прожил бы, но и такие люди были. Я бы даже по эпидемии считал совокупную потерю человеко-лет относительно ОПЖ по годовым периодам с поправкой на то что от ковида умирают в основном люди с разными хрониками. Да, и еще. Из-за карантинов, как следствия улучшения качества воздуха и снижения числа умерших от внешних причин, смертность вне ковида сократилась. То есть на самом деле избыточную смертность как минимум надо считать за исключением внешних причин. У нас по Армении вся избыточная смертность пришлась на две статьи - ковид и сердечно-сосудистые. А вот Росстат с марта перестал публиковать смертность по причинам. Жду этих данных для окончательной оценки.

[athanatoi.livejournal.com]

Я думаю, в перечисленных случаях отличие вызвано тем, что переболели в основном молодые, а среди них летальность действительно низкая.
Что касается Китая, то там возможно переливание плазмы крови помогало. Они весной очень упирали на это. А какой была, по вашей оценке, реальная смертность от ковида в Ухане? Я помню, по антителам там вышло 10% вернувшихся на работу работников предприятий имели положительные результаты. Что означает, что по популяции всего, скорее всего около 7% (средний возраст - более частое распространение), или условно 700 тыс. чел., то есть могло тысяч 5-7 умереть в действительности.

[athanatoi.livejournal.com]

там как раз такая проблема была, что в апреле врачи решили стариков не лечить из-за большого потока инфицированных. То есть, условно говоря у нас две популяции с двумя летальностями. Одна популяция (все возраста), получившая лечение - условно 3 миллиона, с летальностью в 0.5%, и вторая - тоже три миллиона - но не получивших лечение с летальностью в 3% итого в среднем выходят те же 1.7% как и в Испании. Дома престарелых, видимо, попали во вторую группу.

[athanatoi.livejournal.com]

ну то есть занижение статистики по факту могло быть таким же как в России (6.5х), если не больше (Беларусь, Азербайджан - 10-20х).

[shvarz.livejournal.com]

Вот в этой статье помимо основных результатов делают оценку IFR в Бразилии:
https://science.sciencemag.org/content/early/2020/12/07/science.abe9728

To calculate infection fatality ratios (IFRs) we used the age-sex and sensitivity-specificity adjusted prevalence in June, as this was following the epidemic peak in Manaus, but before significant seroreversion. In Manaus, the IFRs were 0.17% and 0.28%, considering PCR confirmed COVID-19 deaths and probable COVID-19 deaths based on syndromic identification, respectively; whereas in São Paulo, the global IFRs were 0.46% and 0.72%, respectively. The difference may be explained by an older population structure in São Paulo (fig. S1A).

Там возможно население существенно моложе чем в НЙ или Испании.

[athanatoi.livejournal.com]

да, серьезные ребята. по мелочам не размениваются.

[tov-y.livejournal.com]

По данным, которые были ещё весной-летом, у меня сложилось стойкое ощущение, что ковид, если его как следует лечить, -- это 10 гриппов, а если вообще не лечить, -- 100. Видимо, весь дальнейший анализ здесь уточняет, как следует лечить. В смысле: до какой степени это возможно делать массово.

[shvarz.livejournal.com]

У них там в supplemental data есть разбивка IFR по возрастам.

[athanatoi.livejournal.com]

как минимум по Манаусу там 44% позитивных превращаются в 76% на основании какой-то интерполяции, но по сути предполагается, что дополнительные 32% контактировали с вирусом, но не перенесли болезнь, то есть их иммунная система отторгла вирус сразу же, а вероятность повторного заражения практически такая же как у людей, которые никак не контактировали с вирусом. Так что смысл их брать в знаменатель? ну а в числитель вложили зарегистрированное число умерших, что тоже некорректно. так что эти интервалы очень сомнительные.

[shvarz.livejournal.com]

Интерполяция нормальная, они там неплохо постарались все учесть. Про оставшихся 24% я не понял с чего вы взяли, что они контактировали но не перенесли болезнь, я ничего такого там не нашел. Про сомнительность числителя согласен.

[athanatoi.livejournal.com]

я думаю вот что: если человек перенес ковид бессимптомно, не выработал антитела и может снова заболеть, какой смысл его включать в расчет? даже если 76% - корректная цифра, то эти 32% (разница с 44% измеренными в октябре) считать переболевшими - спорно.

[alex-new-york.livejournal.com]

А почему Вы, внимательно изучая вопрос ковидной смертности, ничего не пишете о стремительно растущем потоке публикаций об эффективных средствах профилактике и лечения ковида?

[imfromjasenevo.livejournal.com]

половина реакций на эпидемию ковида среди выходцев из стран третьего мира имеет очевидно вытесняющую психологическую природу защиты, переносящие новые страхи и опасения в область заговора мирового правительства.
Само по себе интересно, но уводит конечно в сторону от рационального анализа последствий и статистики смертей. Думаю, что это вполне типично для новых непривычных угроз, сейчас просто общество стало значительно прозрачней, но подобная реакция наблюдалась и раньше при войнах и эпидемиях.

[happy-coder.livejournal.com]

>> избыточных смертей было примерно 40 тыс., и поскольку ясно, что они почти все ковидные

Если человек сошёл с ума от изоляции и выпрыгнул в окно - вы его к жертвам эпидемии методически причисляете? Я - да, иначе логично просто превентивно уничтожить всю популяцию и рапортовать о нулевой смертности от вируса; интересно ваше обоснование (или не?)причисления.
И как можно оценить вклад такого рода смертей "непрямого ковида" в сверхсмертность, по-вашему?

[jahr2.livejournal.com]

По поводу рассуждений в статье: диагноз умерших от ковида Вы считаете неточным и делаете поправку за счет избыточной смертности, но при этом количество заболевших, полученное примерно теми же методами, считаете точным, и для него такой поправки не делаете. Мне кажется логичным либо делать эту поправку для обоих чмсел, либо для обоих не делать, что уменьшает полученный Вами IFR раза в полтора, насколько я понимаю.

[opup.livejournal.com]

Разве это правильно, определять количество переболевших по антителам?
Ведь у многих "легких" и "скрытых" никаких антител после болезни найти не удаётся.

[meloco-go.livejournal.com]

Хотелось бы видеть больничную статистику -- сколько мест в больницах занято, сколько в реанимации, сколько на ИВЛ. Вот такие бы показатели сравнить с тем, что обычно бывало, насколько могу судить, должно быть красноречиво. Не слышал, чтобы во время "обычного гриппа", открывали дополнительные корпуса и тут же их заполняли.

[oude-rus.livejournal.com]

В начале эпидемии много говорили про суперраспространителей. Типа, пришел ковид-зараженный Дед Мороз в дом престарелых, и все стариканы заразились (и половина окочурилась). А в другой дом пришла ковид-зараженная Снегурка, и никто не заразился. Потому что Дед Мороз был суперраспространителем, а Снегурка -- нет.
А теперь про суперраспространиетей как-то и не упоминают. Почему так?

[kobak.livejournal.com]

Потому что я в этом ничего не понимаю.

[kobak.livejournal.com]

Может быть. Но по крайней мере в русскоязычном жж есть еще масса людей, скажем так, экзальтированно-либертарианских взглядов, которые вообще что угодно готовы списать на заговор правительства. Отсюда все эти бесконечные телеги про "лево-либеральное нагнетание паники" и т.п.