избыточная смертность в elife

[kobak]

Сегодня в eLife окончательно вышла наша статья: Tracking excess mortality across countries during the COVID-19 pandemic with the World Mortality Dataset (https://elifesciences.org/articles/69336). Опубликованные данные относятся к началу июля, так что уже несколько устарели. Свежие графики, как обычно, доступны тут: https://github.com/dkobak/excess-mortality.

Заодно -- вчера увидел такой препринт: COVID-19 pandemic in Saint Petersburg, Russia: combining surveillance and population-based serological study data in May, 2020 - April, 2021 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.31.21261428v1). Если не ошибаюсь, это первое большое серологическое исследование из России. Результаты: серопревалентность на март 2021 года составляла 45%. IFR, посчитанный исходя из избыточной смертности, получился 0.9%.

Comments

[oude-rus.livejournal.com]

Поздравления, огромная работа!
В очередной раз поражен твоим умением доводить вещи до конца.

[nikolamsu.livejournal.com]

Спасибо!
На свежих данных июньская смертность в России не настолько плоха, как я ожидал.

[kobak.livejournal.com]

Имейте в виду, что Росстат пока еще не публиковал смертность за июнь, — должен это сделать на этой неделе. Мы пока взяли число смертей за июнь из слов Голиковой на прошлой пресс-конференции, когда объявляли официальные цифры за май.

[tiy.livejournal.com]

Поздравляю, и спасибо за статью!

[3eta.livejournal.com]

Можно уточнить для несведущих? Имеется в виду, что если всех переболевших — 45% населения, а вся избыточная смертность — от ковида, то итоговая смертность от ковида выходит 0.9%?

[kobak.livejournal.com]

Да, именно так.

[boddhi.livejournal.com]

В пересчете на население (а не от числа причин смертности)?

[dmitrmax.livejournal.com]

А как определяется переболел человек или нет? В смысле антитела же могут быть от вакцины.

[kobak.livejournal.com]

Они, кажется, это как-то учитывают, но я детально не вникал в их методы, так что не могу точно сказать. Лучше посмотрите текст статьи.

Но в принципе привитых к марту было не очень много, так что это довольно небольшая поправка должна получиться.

[kobak.livejournal.com]

Не очень понял вопрос. В пересчете на население, избыточная смертность в СПб на конец мая составляла, по моим расчетам, 0.4%.

[boddhi.livejournal.com]

Да, путано спросила, извините; спасибо, что уточнили.

То есть получается, летальность заболевания, равная 0,9%, привела к избыточной смертности около 20%?

[kobak.livejournal.com]

Погодите, все равно не понимаю — что за число 20%?

Избыточная смертность составляет где-то 0.4% от всего населения Петербурга. Если летальность примерно 1%, то это значит, что переболели где-то 40% населения, что согласуется с данными о серопревалентности.

[boddhi.livejournal.com]

А на общероссийском уровне? Правильно ли я понимаю, что в масштабе всей России летальность в 0,9% привела к избыточной смертности около 20%?

[kobak.livejournal.com]

Я по-прежнему не понимаю, что именно Вы имеете в виду под числом 20%.

В масштабе России избыточная смертность на конец июня составляла, по моим расчетам, 550 тысяч человек, что при летальности в 0.9% соответствует где-то 60 миллионам переболевших.

[boddhi.livejournal.com]

Все, поняла, спасибо. Не те цифры смотрела.

[dmitrmax.livejournal.com]

Вообще, конечно, можно на уровне интервью отсекать исследуемых, которые привиты. Если принято верить на слово в таких исследованиях.

Статью почитал, там ИФА-тест CoronaPass использовался. Но если сейчас за такую работу браться, то нужно делать анализ на антитела к нуклеокапсидному белку вируса — они не вырабатываются на вакцину.

[jahr2.livejournal.com]

А можно Вас попросить (конечно, если это будет недолго и несложно) на Ваших источниках данных и Вашим кодом посчитать избыточную смертность, например, по России (или по какой-то другой стране или даже городу, что проще будет) за последние лет 15-20 (или на сколько получится, если выйдет меньше)? Или поделиться ссылкой или ключевыми словами для поиска, если Вы такое уже делали?

Я прошу прощения за наглость подобной просьбы, я просто надеюсь, что Вам Ваш код намного яснее, чем мне, и , возможно, для Вас это дело пяти минут.) Если это не так, то я был бы признателен и за указания на то, куда именно смотреть, чтобы провести такой расчет самостоятельно..

[kobak.livejournal.com]

А что значит "избыточная смертность за последние лет 15-20"? Я считаю избыточную смертность в 2020 как разницу между прогнозом на 2020 и реальной смертностью в 2020. Прогноз делается по данным 2015-2019.

Вы имеете в виду делать прогноз на каждый год на основе предыдущих пяти лет и таким образом считать избыточную смертность? Готового кода для этого у меня нет, но в случае России можно представить, что получится, просто глядя на эту картинку: https://raw.githubusercontent.com/dkobak/excess-mortality/main/img/yearly.png

[jahr2.livejournal.com]

> Вы имеете в виду делать прогноз на каждый год на основе предыдущих пяти лет и таким образом считать избыточную смертность?
Именно так, да.

> Готового кода для этого у меня нет
Понятно, спасибо, жаль, придется все-таки самому удовлетворять собственное любопытство.)

[nikolamsu.livejournal.com]

Да, я уже сообразил, что поторопился.

[vasja-iz-aa.livejournal.com]

если вакцина из убитого вируса, то антитела будут на всё

[dmitrmax.livejournal.com]

У нас это только ковивак. Его исчезающе мало.

[frolsa (from livejournal.com)]

Не совсем до конца. Графики все до декабря :(

[oude-rus.livejournal.com]

???
"Опубликованные данные относятся к началу июля"
"Our analysis (updated almost daily at https://github.com/dkobak/excess-mortality)"

[frolsa (from livejournal.com)]

так то таблицы, а графики, что, самому строить?