избыточная смертность в elife

[kobak]

Сегодня в eLife окончательно вышла наша статья: Tracking excess mortality across countries during the COVID-19 pandemic with the World Mortality Dataset (https://elifesciences.org/articles/69336). Опубликованные данные относятся к началу июля, так что уже несколько устарели. Свежие графики, как обычно, доступны тут: https://github.com/dkobak/excess-mortality.

Заодно -- вчера увидел такой препринт: COVID-19 pandemic in Saint Petersburg, Russia: combining surveillance and population-based serological study data in May, 2020 - April, 2021 (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.07.31.21261428v1). Если не ошибаюсь, это первое большое серологическое исследование из России. Результаты: серопревалентность на март 2021 года составляла 45%. IFR, посчитанный исходя из избыточной смертности, получился 0.9%.

Comments

[oude-rus.livejournal.com]

Поздравления, огромная работа!
В очередной раз поражен твоим умением доводить вещи до конца.

[frolsa (from livejournal.com)]

Не совсем до конца. Графики все до декабря :(

[oude-rus.livejournal.com]

???
"Опубликованные данные относятся к началу июля"
"Our analysis (updated almost daily at https://github.com/dkobak/excess-mortality)"

[nikolamsu.livejournal.com]

Спасибо!
На свежих данных июньская смертность в России не настолько плоха, как я ожидал.

[kobak.livejournal.com]

Имейте в виду, что Росстат пока еще не публиковал смертность за июнь, — должен это сделать на этой неделе. Мы пока взяли число смертей за июнь из слов Голиковой на прошлой пресс-конференции, когда объявляли официальные цифры за май.

[nikolamsu.livejournal.com]

Да, я уже сообразил, что поторопился.

[tiy.livejournal.com]

Поздравляю, и спасибо за статью!

[3eta.livejournal.com]

Можно уточнить для несведущих? Имеется в виду, что если всех переболевших — 45% населения, а вся избыточная смертность — от ковида, то итоговая смертность от ковида выходит 0.9%?

[kobak.livejournal.com]

Да, именно так.

[jahr2.livejournal.com]

А можно Вас попросить (конечно, если это будет недолго и несложно) на Ваших источниках данных и Вашим кодом посчитать избыточную смертность, например, по России (или по какой-то другой стране или даже городу, что проще будет) за последние лет 15-20 (или на сколько получится, если выйдет меньше)? Или поделиться ссылкой или ключевыми словами для поиска, если Вы такое уже делали?

Я прошу прощения за наглость подобной просьбы, я просто надеюсь, что Вам Ваш код намного яснее, чем мне, и , возможно, для Вас это дело пяти минут.) Если это не так, то я был бы признателен и за указания на то, куда именно смотреть, чтобы провести такой расчет самостоятельно..

[kobak.livejournal.com]

А что значит "избыточная смертность за последние лет 15-20"? Я считаю избыточную смертность в 2020 как разницу между прогнозом на 2020 и реальной смертностью в 2020. Прогноз делается по данным 2015-2019.

Вы имеете в виду делать прогноз на каждый год на основе предыдущих пяти лет и таким образом считать избыточную смертность? Готового кода для этого у меня нет, но в случае России можно представить, что получится, просто глядя на эту картинку: https://raw.githubusercontent.com/dkobak/excess-mortality/main/img/yearly.png

(frozen)

[bioplant.livejournal.com]

Тогда не получится орать про ужасный коронавирус, ведь в начале 2000-х смертность была еще больше без всяких пандемий.

Карта избыточной смертности за время ковида на душу на

[livejournal.livejournal.com]

User kireev referenced to your post from Карта избыточной смертности за время ковида на душу населения (https://kireev.livejournal.com/1889515.html) saying: [...] кстати, включен и World Mortality Dataset, над которым работал (и у него об этом недавно был пост [...]

[meloco-go.livejournal.com]

Спасибо.
А можно аналог графика 4 из статьи сделать для России?

[kobak.livejournal.com]

Хорошая идея — я сделал вообще по всем странам и выложил сюда: https://github.com/dkobak/excess-mortality/tree/main/img/tracking



По России, может, сегодня обновятся данные.

[bioplant.livejournal.com]

Ну если такой известный лжец, подтасовщик, шулер и банщик, как Киреев сослался на вашу работу, значит приличным людям доверять ей не следует.

[kobak.livejournal.com]

Ну тогда Вам, как приличному человеку, наверное, и комментировать у меня больше нет смысла, не правда ли? Так что всем будет только лучше и приятнее, если я лишу Вас этой технической возможности.

Take care!

[elcour.livejournal.com]

Восхищён вашей пытливостью и вниманием к деталям.
Читаю ваши посты, как приключенческий роман (при всей, увы, морбидности темы).

Спасибо.

[kobak.livejournal.com]

Вам спасибо!

[tvinj.livejournal.com]

Заявки на графики принимаются?) Интересно было бы посмотреть на зависимость избыточной смертности от % вакцинации в разных странах, за какой-нибудь самый свежий месяц.

Николай

[(Anonymous)]

Встречал ли автор статистическую обработку по таким алгоритмам для какой-нибудь страны?
Методы корректного статистического изучения последствий первой вакцинации Спутником V (для тех, кто понимает)
https://cont.ws/@sibirsnow/2144880

[daniil bograchev (from livejournal.com)]

Добрый день, извините за офтопик хотел уточнить природу "серых цифр" на вашем графики про страны.
Это отношение избыточных смертей за эпидемию к годовым смертям?
т.е. в России 56% это не значит, что каждый месяц умирало на 56% в среднем.

[kobak.livejournal.com]

Да, это накопленная избыточная смертность с марта 2020 (для России это сейчас по ноябрь 2021 включительно), выраженная в процентах от "обычного" кол-ва годовых смертей (т.е. линейная экстраполяция кол-ва годовых смертей 2015-2019 на 2020).

В России за это время были месяцы, где превышение реальной смертности над обычной было больше 56%, но были, конечно, месяцы и с меньшим превышением.

[imfromjasenevo.livejournal.com]

извините у меня вопрос, а там точно бага нет с Австралией?
отрицательная избыточная смертность -8%
я вообще смотрю данные по death rate и не видно, что она так сильно падет
https://www.macrotrends.net/countries/AUS/australia/death-rate

[kobak.livejournal.com]

По Вашей ссылке сверху написано в красной рамочке: "NOTE: All 2020 and later data are UN projections and DO NOT include any impacts of the COVID-19 virus."