избыточная смертность по странам
Dec. 28th, 2020 12:37 am![[personal profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/user.png){kind=small}
kobakНастроил скрипт, который загружает последние данные по общей смертности с https://www.mortality.org, FT (https://github.com/Financial-Times/coronavirus-excess-mortality-data), NYT (https://github.com/nytimes/covid-19-data) и The Economist (https://github.com/TheEconomist/covid-19-excess-deaths-tracker). Для каждой страны я считаю избыточную смертность по отношению к прогнозу с учетом линейнего тренда 2015--19. Начало отсчета избыточной смертности -- дата первой официальной ковидной смерти. В данных с www.mortality.org я для некоторых стан отбрасываю последние две недели, т.к. там явно неполные данные.
Для каждой страны я считаю: избыточную смертность (левый нижний угол), избыточную смертность в % от ожидаемого за весь год (правый нижний угол), избыточную смертность на 100 тысяч населения (правый верхний угол) и отношение избыточной смертности к оперативным ежедневно обновляемым данным за тот же период (левый верхний угол).
Вертикальная шкала везде начинается от нуля, но заканчивается как получится, чтобы все линии поместились. Иначе всего не разглядеть.
Страны отсортированы по избыточной смертности в % от годовой.
В России на данный момент оперштаб сообщает о 54.7 тыс. умерших, с учетом коэффициента 6.5 -- это где-то 350 тыс. избыточной смертности. Так что по избыточной смертности *на сегодня* РФ на втором месте после США, по % от годовой после Перу, Боливии, Эквадора и Мексики (близко от Мексики уже), по избыточной смертности на 100 тысяч населения приближается к Перу, по отношению реальности к оперативным данным явно вне конкуренции.
UPDATE (Dec 29): Добавил ноябрь к России.
UPDATE (Dec 30): Добавил Украину, спасибо Ивану Зайцеву. Выложил код на на https://github.com/dkobak/excess-mortality. Все данные подгружаются из облака, так что можно прямо в браузере запустить: https://colab.research.google.com/github/dkobak/excess-mortality/blob/main/all-countries.ipynb
UPDATE (Jan 4): Добавил Иран.
UPDATE (Jan 8): Добавил Грузию и Армению, спасибо![[livejournal.com profile]](https://www.dreamwidth.org/img/external/lj-userinfo.gif)
athanatoi. Для США беру теперь данные с CDC, где последние недели скорректированы с учетом неполного покрытия.
Для каждой страны я считаю: избыточную смертность (левый нижний угол), избыточную смертность в % от ожидаемого за весь год (правый нижний угол), избыточную смертность на 100 тысяч населения (правый верхний угол) и отношение избыточной смертности к оперативным ежедневно обновляемым данным за тот же период (левый верхний угол).
Вертикальная шкала везде начинается от нуля, но заканчивается как получится, чтобы все линии поместились. Иначе всего не разглядеть.
Страны отсортированы по избыточной смертности в % от годовой.
В России на данный момент оперштаб сообщает о 54.7 тыс. умерших, с учетом коэффициента 6.5 -- это где-то 350 тыс. избыточной смертности. Так что по избыточной смертности *на сегодня* РФ на втором месте после США, по % от годовой после Перу, Боливии, Эквадора и Мексики (близко от Мексики уже), по избыточной смертности на 100 тысяч населения приближается к Перу, по отношению реальности к оперативным данным явно вне конкуренции.
UPDATE (Dec 29): Добавил ноябрь к России.
UPDATE (Dec 30): Добавил Украину, спасибо Ивану Зайцеву. Выложил код на на https://github.com/dkobak/excess-mortality. Все данные подгружаются из облака, так что можно прямо в браузере запустить: https://colab.research.google.com/github/dkobak/excess-mortality/blob/main/all-countries.ipynb
UPDATE (Jan 4): Добавил Иран.
UPDATE (Jan 8): Добавил Грузию и Армению, спасибо
athanatoi. Для США беру теперь данные с CDC, где последние недели скорректированы с учетом неполного покрытия.
![[identity profile]](https://www.dreamwidth.org/img/silk/identity/openid.png){kind=small}
no subject
Date: 2020-12-29 08:36 am (UTC)"Вертикальная шкала везде начинается от нуля, но заканчивается как получится, чтобы все линии поместились"
Кстати, это играет против России) у нас смертность более размазанная по месяцам, а у Англии и Испании вся вспышка пришлась на начало, была очень сильной и за год мы их вот только сейчас обогнали, однако тут кажется, что у них всё лучше.
По таким графикам очень хорошо видно динамику, но масштабы сверхсмертности в разных странах трудно сопоставить.
Не знаете, где-то такое можно увидеть с единой шкалой? Я тут на коленке в свободное время клепаю вот такое (https://navizv.github.io/covid/sk.html?regs=1_113_114&perc=true (https://navizv.github.io/covid/sk.html?regs=1_113_114&perc=true)), со сравнением скользящих сумм в процентах к "мирному времени", но может уже что-то подобное есть?
no subject
Date: 2020-12-29 08:46 am (UTC)Когда я делаю график по регионам России (соседний пост), я фиксирую шкалу от 0% до 200%, но тут чтобы все страны поместились, особенно Эквадор, нужно дойти до 500% и в других странах получается ничего не видно.
no subject
Date: 2020-12-29 10:10 am (UTC)no subject
Date: 2020-12-29 10:19 am (UTC)no subject
Date: 2020-12-31 03:55 pm (UTC)no subject
Date: 2020-12-31 04:06 pm (UTC)no subject
Date: 2020-12-31 04:33 pm (UTC)При том что нет никаких обоснований этого отличия по этническому составу, местности или образу жизни.
Так не бывает.
no subject
Date: 2020-12-30 03:05 pm (UTC)По-моему, наоборот, легко: baseline -- это примерно 100%, ну а дальше масштаб понятен.
no subject
Date: 2020-12-31 05:11 pm (UTC)