избыточная смертность по странам

[kobak]

Настроил скрипт, который загружает последние данные по общей смертности с https://www.mortality.org, FT (https://github.com/Financial-Times/coronavirus-excess-mortality-data), NYT (https://github.com/nytimes/covid-19-data) и The Economist (https://github.com/TheEconomist/covid-19-excess-deaths-tracker). Для каждой страны я считаю избыточную смертность по отношению к прогнозу с учетом линейнего тренда 2015--19. Начало отсчета избыточной смертности -- дата первой официальной ковидной смерти. В данных с www.mortality.org я для некоторых стан отбрасываю последние две недели, т.к. там явно неполные данные.

Для каждой страны я считаю: избыточную смертность (левый нижний угол), избыточную смертность в % от ожидаемого за весь год (правый нижний угол), избыточную смертность на 100 тысяч населения (правый верхний угол) и отношение избыточной смертности к оперативным ежедневно обновляемым данным за тот же период (левый верхний угол).

Вертикальная шкала везде начинается от нуля, но заканчивается как получится, чтобы все линии поместились. Иначе всего не разглядеть.

Страны отсортированы по избыточной смертности в % от годовой.



В России на данный момент оперштаб сообщает о 54.7 тыс. умерших, с учетом коэффициента 6.5 -- это где-то 350 тыс. избыточной смертности. Так что по избыточной смертности *на сегодня* РФ на втором месте после США, по % от годовой после Перу, Боливии, Эквадора и Мексики (близко от Мексики уже), по избыточной смертности на 100 тысяч населения приближается к Перу, по отношению реальности к оперативным данным явно вне конкуренции.

UPDATE (Dec 29): Добавил ноябрь к России.

UPDATE (Dec 30): Добавил Украину, спасибо Ивану Зайцеву. Выложил код на на https://github.com/dkobak/excess-mortality. Все данные подгружаются из облака, так что можно прямо в браузере запустить: https://colab.research.google.com/github/dkobak/excess-mortality/blob/main/all-countries.ipynb

UPDATE (Jan 4): Добавил Иран.

UPDATE (Jan 8): Добавил Грузию и Армению, спасибо athanatoi. Для США беру теперь данные с CDC, где последние недели скорректированы с учетом неполного покрытия.

Comments

[imfromjasenevo.livejournal.com]

спасибо, очень познавательно, хотя не ясно, какие выводы можно делать.
мне интересно, почему так отличаются избыточные смерти Литвы и Эстонии с Латвией.
И, к слову, а по Украине и Белоруссии данных нет?

[kobak.livejournal.com]

По Белоруссии, по-моему, открытых данных вообще нет. По Украине данные вроде бы есть (кажется, в комментариях к прошлой записи были ссылки) но там, откуда я загружаю данные, пока нет.

[ffedd-ya.livejournal.com]

Беларусь в своё время предоставила данные по смертям за первое полугодие в ООН, и был заметен рост числа смертей весной и в июне:
https://www.facebook.com/groups/scienceopinionby/permalink/323450088990157/

Больше они данных не давали.

[in-kant.livejournal.com]

В Эстонии вообще очень интересный кейс, требует отдельного изучения. Там что-то явно не так.

Я нашел информацию о как минимум двух случаях заражений эстонских домов престарелых (т.е. самая группа риска), где выявили несколько десятков(!) зараженных пациентов - и при этом они ВСЕ были вообще без симптомов. Это какая-то очевидная аномалия. Или у них какая-то уникальная генетика (что вряд ли), или у них гуляет уникальный безобидный штамм вируса, или у них в прошлом году была локальная эпидемия обычного простудного коронавируса, который дал им всем T-клеточный иммунитет и от SARS-CoV-2 (о вероятности чего писали шведы летом).

Для сравнения - когда весной заражались дома престарелых в Швеции, то там до трети постояльцев просто отъезжало на кладбища. А тут вообще без симптомов...

[kobak.livejournal.com]

Оффтопик, так что заморожу. Не готов обсуждать (или модерировать обсуждение) спрея экстракта красных водорослей. Но выглядит как явный булшит :)

[akhrissanov.livejournal.com]

a worksheet у вас не выложен открыто? любопытно.

[kobak.livejournal.com]

Выложил: https://github.com/dkobak/excess-mortality

[kobak.livejournal.com]

"Психопандемию", "хунту" и "концлагерь", пожалуйста, обсуждайте где-нибудь в другом месте. Ваш комментарий скриню.

[opup.livejournal.com]

Судя по картинкам, Россия к концу года в числе немногих стран, где смертность нарастает, а не снижается.

[happy-coder.livejournal.com]

Интересно, откуда отрицательная добавочная смертность взялась у НЗ с Австралией. И если это флуктуация статистики на -7%, насколько вообще можно доверять так-считаным данным. Под "так" понимаю в первую очередь ожидаемую смертность как экстраполяцию 2015/9.

[kobak.livejournal.com]

Это не флуктуация, а эффект карантина и социального дистанцирования. Там очень быстро ввели ограничения и остановили ковид, так что ковидных смертей почти нет вообще.

[vagonsky.livejournal.com]

Скажите, а откуда взялась идея умножать на 6.5? Ведь данные об избыточной смертности уже поступают точные (как я понимаю, из Росстата)

[kobak.livejournal.com]

Росстатовские данные есть пока только за октябрь. За ноябрь и декабрь пока нет. 6.5 -- это отношение избыточной смертности за апрель--октябрь к данным оперативного штаба за апрель--октябрь. По пропорции можно прикинуть избыточную смертность на сегодня.

[lev-usyskin.livejournal.com]

спасибо

[strannik1.livejournal.com]

Какой то в графиках бред выходит.
Сравните Чехию и Словакию. Разные планеты?

[kobak.livejournal.com]

В Словакии тоже вверх идет, но чуть позже и не так сильно:

https://ourworldindata.org/coronavirus-data-explorer?zoomToSelection=true&country=SVK~CZE®ion=World&deathsMetric=true&interval=smoothed&perCapita=true&smoothing=7&pickerMetric=location&pickerSort=asc

Данные по избыточной смертности отстают.

[denalt.livejournal.com]

А что Индии нет?

[kobak.livejournal.com]

Индия не публикует цифры по общей смертности.

[alevaj.livejournal.com]

Скажите пожалуйста, в чем смысл отношения избыточной смертности к оперативным ежедневно обновляемым данным за тот же период?
Например, Германия рапортовала в конце октября о 10000 смертей от ковида, а количество избыточных смертей было 600. Соотвтственно, в левом верхнем углу стоит 0.0. О чем свидетельствует столь существенное отклонение этого значения от 1?

[kobak.livejournal.com]

Обычно это отношение больше 1, и это свидетельствует о недоучете ковидных смертей в ежедневной статистике.

Германия -- особый случай. Избыточная смертность около нуля, потому что в начале года смертность была ниже обычной. Если начать считать не с 8 недели, а немного позже (с 10ой? точно не помню), то там получится избыточная смертность как раз в районе официального числа смертей от ковида. Но вообще да, в Германии избыточная смертность очень мала. Это нормально -- 10-20 тысяч умерли от ковида, зато смертность от других причин немного уменьшилась (как в Австралии и Новой Зеландии).

[(Anonymous)]

За ноябрь отчитался Росстат. Как и ожидалось всё плохо.

[kobak.livejournal.com]

!!!

Не ожидал. Сегодня повешу новые графики.

[oude-rus.livejournal.com]

Супер, Дима, очень здОрово!

Графиками Швеции, Финляндии, Норвегии и Дании надо тыкать в рожу любителям шведской модели.

Австралия и НЗ -- тебе в копилку "как карантин влияет на смертность" (спойлер: понижает). Особенно понравилась НЗ: там такой замечательный скачок вбиз.

Вот чего я не понимаю: граница европейского ппп первой волны проходит аккурат по Германии. Вот почему так, что Испания, Италия, Франция, Англия, Бельгия и Нидерланды понесли серьезные потери, нескотря на жесткий карантин, а Германия и восточнее -- нет?

Итальянцы перестали публиковать смертность где-то в сентябре, а то они тоже поднялись бы повыше.

Последнее: в РФ в плане занижения цифр вполне может сравниться Литва. Интересно было бы понять, почему.

[kobak.livejournal.com]

Ага, Австралию и НЗ я почему-то раньше не видел, а графики классные. Похоже, у них срезало обычный зимний горбик, т.е. это может быть из-за уменьшения гриппа (из-за карантина, дистанцирования, масок, и т.д.).

Про Германию не знаю. Я вообще подозреваю, что в этом есть элемент случайности.

В Литве зимняя волна только начинает быть видна в этих данных. Я думаю, имеет смысл подождать несколько недель и посмотреть, как будет вести себя этот коэффициент.

[ffedd-ya.livejournal.com]

Спасибо, очень хорошие и показательные графики!

А вот ситуация в России ужасает.
Так и Бергамо догоним, с их ~57% избыточной смертности в % от ожидаемого за весь год (оценка моя).

[kobak.livejournal.com]

57% избыточной смертности от годовой в России все-таки трудно себе представить. К новому году будет, наверное, порядка 22%. Впрочем, что будет в январе-феврале-марте, я не решаюсь предсказывать.

[Иван Зайцев (from livejournal.com)]

Круто!
"Вертикальная шкала везде начинается от нуля, но заканчивается как получится, чтобы все линии поместились"
Кстати, это играет против России) у нас смертность более размазанная по месяцам, а у Англии и Испании вся вспышка пришлась на начало, была очень сильной и за год мы их вот только сейчас обогнали, однако тут кажется, что у них всё лучше.
По таким графикам очень хорошо видно динамику, но масштабы сверхсмертности в разных странах трудно сопоставить.
Не знаете, где-то такое можно увидеть с единой шкалой? Я тут на коленке в свободное время клепаю вот такое (https://navizv.github.io/covid/sk.html?regs=1_113_114&perc=true (https://navizv.github.io/covid/sk.html?regs=1_113_114&perc=true)), со сравнением скользящих сумм в процентах к "мирному времени", но может уже что-то подобное есть?

[kobak.livejournal.com]

Ну я легко могу сделать шкалу одинаковой, вот тут шкала от 0% до 500% годовой:

(https://ic.pics.livejournal.com/kobak/1474765/38370/38370_original.png)

Когда я делаю график по регионам России (соседний пост), я фиксирую шкалу от 0% до 200%, но тут чтобы все страны поместились, особенно Эквадор, нужно дойти до 500% и в других странах получается ничего не видно.

[kirovtanin.livejournal.com]

Вопрос про "избыточную смертность (левый нижний угол)"
У США указано 300300. Это почти совпадает с их данными "умерло от коронавируса" 330 тыс
У РФ "избыточную смертность (левый нижний угол)" указано 268 тыс, в то время как по данным "умерло от коронавируса" 56 тыс.
Как такой разбег возможен?

[kobak.livejournal.com]

Про США: 300 тысяч -- это избыточная смертность где-то на начало ноября. А 330 тыс. смертей от короны -- это сейчас. На начало ноября избыточная смертность была выше, чем кол-во официальных смертей от коронавируса, у меня получилось отношение 1.1 (левый верхний угол).

В России коэффициент 6.5, если брать по отношению к данным оперштаба (по отношению к данным Росстата где-то 3). Как такое возможно? Очень просто: во многих регионах скрывают смерти от коронавируса.

[kobak.livejournal.com]

Вы вообще на график в записи смотрели? Зачем постить бред про то, что в 2020 умерло или умрет меньше людей, чем в 2019? Скриню Ваш коммент.

Избыточная смертность по странам

[livejournal.livejournal.com]

User matholimp referenced to your post from Избыточная смертность по странам (https://covid19stat.livejournal.com/67824.html) saying: [...] Картинка с https://kobak.livejournal.com/117436.html [...]

[athanatoi.livejournal.com]

Иран удивил. Получается там небольшое искажение. А есть исходные данные?

[kobak.livejournal.com]

Да, посмотрите здесь https://github.com/dkobak/excess-mortality/blob/main/all-countries.ipynb

Копирую сюда:

# https://www.sabteahval.ir/avej/Page.aspx?mId=49826&ID=2182&Page=Magazines/SquareshowMagazine
# "Winter" (last entry per Solar Hirji year) starts on Dec 22, so we'll count it as next calendar year

87889, 112465, 131882, 104609 # 1393 (2014)
91198, 90009, 90451, 95026, # 1394 (2015)
90558, 88026, 95737, 94831, # 1395 (2016)
93067, 88002, 94214, 101030, # 1396 (2017)
90214, 91737, 93863, 101210, # 1397 (2018)
91742, 94441, 103422, 105787, # 1398 (2019)
110384, 131294, # 1399 (2020)

[vagonsky.livejournal.com]

Добрый день!
Статистику избыточной смертности ведет также сайт ourworldindata.org (данные есть по чему-то близкому к странам ОЭСР), если посмотреть, например, на Германию, то получается гораздо больше, чем -1%: https://ourworldindata.org/grapher/excess-mortality-p-scores?tab=chart&stackMode=absolute&time=2020-03-29..latest&country=~DEU®ion=World
Навскидку среднее получается около 5%.
Аналогично получаем (top 3, апрель-ноябрь):
Испания - 25%
Бельгия - 22%
США - 22%
Как Вы думаете, из-за чего может быть такое большое расхождение с Вашими данными?

[kobak.livejournal.com]

Во-первых, спасибо! Я заметил, что когда я добавлял Иран к этому графику, я внес туда баг (суммирование начиналось с начала года, а не с первой официальной ковидной смерти). Сейчас исправил и картинку в посте обновил. Это передвигает, например, Германию на +1%.

Ourworldindata берет данные из Human Mortality Database (откуда я тоже беру) и принципиально к ним ничего не добавляет (а я добавляю ряд стран из других источников), так что у них строгое подмножество стран из моего анализа.

Разница в принципе может быть из-за следующих факторов:
(а) с какой недели начинать суммировать (я выбираю неделю, в которую была зарегистрирована первая официальная смерть от ковида);
(б) на какой неделе заканчивать (я отбрасываю последние две недели, т.к. там могут быть сильно неполные данные);
(в) какой выбран baseline (я учитываю линейный тренд 2015--19. Ourworldindata, кажется, просто берет среднее за 2015--19);
(г) процент от чего показан на картинке (я показываю процент от ожидаемой ГОДОВОЙ смертности. Ourworldindata показывает процент в каждой неделе).

Думаю, основная разница из-за пункта (г). Если данные, скажем, покрывают шесть месяцев, но процент будет отличаться в два раза.

[nedrugoi80.livejournal.com]

Кстати, было бы очень интересно добавить финансовые цифры в графики - падение или рост экономики по странам. Так Китай и Тайвань по результатам года имеют рост ВВП. Швеция же, как флагман антилокдаунов - падение ВВП процентов на 8